Pendant zazen, la respiration joue un rôle primordial. Elle est calme, imperceptible et établit un rythme lent, puissant et naturel. L’expiration est longue et profonde. L’inspiration se fait naturellement. Elle est plus courte que l’expiration.
Durant zazen le rythme respiratoire se ralentit ainsi que le rythme cardiaque, le sang et les organes internes sont mieux oxygénés. Cette expiration qui exerce une poussée vers le bas sur toute la masse abdominale, provoque un massage interne et développe une grande énergie au niveau de la taille, des reins et des hanches.
Une respiration profonde, lente, calme, puissante, balaie les complications du mental. L’esprit n’est pas dérangé par les pensées qui apparaissent, comme le ciel n’est pas dérangé par les nuages.
Le pratiquant peut ensuite conserver cette respiration durant la vie quotidienne, le corps finissant de l’adopter inconsciemment. Les maîtres comparent souvent la respiration en zazen au mugissement d’une vache ou à l’expiration d’un bébé qui crie aussitôt né.